La base del trabajo de Gizagune Fundazioa es la transformación de conflictos y construcción de paz alentando la participación de las personas, con el fin de incluirlas en los procesos de cambio y que éste sea constructivo. En definitiva, dotar de un mayor protagonismo y bienestar a las personas implicadas. Para su desarrollo se emplean diversas metodologías, herramientas que promueven el diálogo y el alcance de consensos y acuerdos.

En resumen, el cometido de la Fundación Gizagune es:
Investigar, diseñar, fomentar, promocionar, planificar, desarrollar, implementar, ejecutar y evaluar acciones y programas totales o parciales, sobre métodos y técnicas de transformación de conflictos, construcción de paz y participación en todos los ámbitos de interacción de las personas, a saber: desarrollo de programas de mediación, negociación, etc.
Investigar, diseñar, fomentar, promocionar, planificar, desarrollar, implementar, ejecutar y evaluar diferentes metodologías de mejora de la convivencia en general, de la transformación de conflictos y de la superación de crisis. Metodologías que guardan relación con el fin anteriormente expuesto y con procesos de cambio en situaciones conflictivas tanto individuales como colectivas, ya sean vecinales, sociales, etc.
Apoyar la participación, la inclusión y el bienestar de las personas en todos aquellos espacios en los que desarrollen su actividad, abordando así los ámbitos familiar, laboral, formativo, de ocio y tiempo libre, etc.
Potenciar el cambio constructivo, positivo y de desarrollo de la ciudadanía en sus diferentes dimensiones: individual, social, organizacional, comunitaria, etc.
Para lograr estos fines se llevan a cabo las siguientes actividades:
Sensibilización y formación sobre las diferentes metodologías y acciones.
Elaboración de programas totales o parciales de intervención a diferentes niveles: individual, organizacional (Administración Pública, empresas, centros escolares, etc.), social y comunitario.
Investigación e innovación en los temas relacionados con nuestros objetivos.
Colaboración con entidades públicas y privadas, instituciones universitarias y/o parauniversitarias, empresas,… vinculadas a los fines descritos.